První zmínka o vlastních Miloticích i vedlejším Jelení, dnes místní části Milotic, je z roku 1288, kdy obě obce patřily městu Hornímu Benešovu a vlastnil je Beneš z Branice. Milotice, německy Milkendorf, původně však Milotndorf, získaly své jméno podle svého zakladatele Miloty z Dědic z  rodu Benešiců. V roce 1377, kdy bylo děleno knížectví opavské mezi syny Mikuláše II.,připadly obě vsi k dílu krnovskému. Milotice již roku 1453 byly uváděny jako pusté, Jelení bylo  zničeno až uherskými vojsky Matyáše Korvína při jejich tažení do Slezska v roce 1474. Pusté Jelení předala krnovská kněžna Barbora bratrům Mikulášovi, Bernardovi a Hynkovi z Vrbna: Jelení, které pánové z Vrbna koncem 16.století obnovili, bylo až do roku 1850 součástí panství bruntálského. Milotice počátkem 15. století získal majitel Lichnova Hanuš Lichnovský z Voštic a již roku 1508 je obnovil. V roce 1622 koupili Milotice jako součást zcela zadluženého lichnovského statku krnovského knížectví, které vlastnili Lichtenštejnové. Po zrušení panství a vrchnostenské správy v polovině 19. století byly Milotice i Jelení začleněny do okresu Bruntál, v roce 1959 pak byly obě obce sloučeny. V obou podhorských zemědělských obcích vzniklo od počátku 20. století několik podniků: v Miloticích to byla tkalcovna a barvírna látek a továrna na laky Trion, v Jelení tkalcovna lněného a bavlněného zboží a cihelna. V Miloticích byla v roce 1929 otevřena česká menšinová škola. K pamětihodnostem patří farní kostel Nanebevzetí P.Marie v Jelení, postavený v letech 1675 – 76, a hřbitovní kaple Nanebevzetí P.Marie v Miloticích z roku 1888.

V obci (Milotice nad Opavou 33) se nachází Muzeum ohýbaného a historického nábytku.

V roce 2000 povodeň obnažila v korytě Milotického potoka poštovní směrník z roku 1727, který je osazen před budovou obecního úřadu.