První zmínka o vlastních Miloticích i vedlejším Jelení, dnes místní části Milotic, je z roku 1288, kdy obě obce patřily městu Hornímu Benešovu a vlastnil je Beneš z Branice. Milotice, německy Milkendorf, původně však Milotndorf, získaly své jméno podle svého zakladatele Miloty z Dědic z rodu Benešiců. V roce 1377, kdy bylo děleno knížectví opavské mezi syny Mikuláše II., připadly obě vsi k dílu krnovskému.

Milotice již roku 1453 byly uváděny jako pusté, Jelení bylo zničeno až uherskými vojsky Matyáše Korvína při jejich tažení do Slezska v roce 1474. Pusté Jelení předala krnovská kněžna Barbora bratrům Mikulášovi, Bernardovi a Hynkovi z Vrbna: Jelení, které pánové z Vrbna koncem 16. století obnovili, bylo až do roku 1850 součástí panství bruntálského.

Milotice počátkem 15. století získal majitel Lichnova Hanuš Lichnovský z Voštic a již roku 1508 je obnovil. V roce 1622 koupili Milotice jako součást zcela zadluženého lichnovského statku krnovského knížectví, které vlastnili Lichtenštejnové. Po zrušení panství a vrchnostenské správy v polovině 19. století byly Milotice i Jelení začleněny do okresu Bruntál, v roce 1959 pak byly obě obce sloučeny.